藻类也就是浮游植物，它包括蓝藻门 、绿藻门、硅藻门、隐藻门、甲藻门、裸藻门、金藻门和黄藻门八个门类的浮游种类。其中，蓝藻，又称蓝细菌或蓝绿藻，是一类光合自养型原核生物。蓝藻在约35亿年前就已经出现了。研究表明，其可能是地球上最早进行光合作用并释放氧气的生物。蓝藻为单细胞、丝状或非丝状的群体，其在自然界中有很强的适应能力，广泛存在于水圈、土壤圈和大气圈中，并可在其他微藻无法生存的极端环境下繁衍。

大多数水华都是由藻类引起的，如蓝藻、绿藻、硅藻等水华。蓝藻水华是由蓝藻门藻类过度增殖引发的水华，已报道有几十个属的上百种蓝藻可以形成水华，蓝藻水华涉及蓝藻门40 个属，目前，常见的蓝藻水华种类有微囊藻、束丝藻、鱼腥藻、颤藻、浮丝藻、席藻、鞘丝藻、拟柱胞藻、节旋藻、节球藻、平裂藻、项圈藻等。


01铜绿微囊藻
形态特征：自由漂浮，群体团块一般较大, 肉眼可见。群体形态变化较大, 发育早期多为球形或椭圆形, 中实, 为青绿色或黑绿色, 随着发育过程群体不断增大, 最终易形成不规则形状, 胶被也常破裂或穿孔, 使群体成为树枝状或似窗格的网状体。胶被无色或微黄绿色、不明显、无折光、无分层。胶被不密贴细胞, 距离2 µm以上。胶被内细胞排列较紧密。细胞球形, 直径3.8–6.3 µm, 平均为5.3±0.59 µm。细胞原生质体深蓝绿色或黑绿色, 有气囊(gas vesicle)。水华颗粒大，颜色深蓝绿色。
分布: 该种类除南北极区和近南北极区外，在世界范围内广泛分布。为浮游产毒种类, 是形成水华的最主要种类。


02惠氏微囊藻
形态特征：自由漂浮，群体形态变化最多, 有球形、椭圆形、卵形、肾形、圆筒状、叶瓣状或不规则形, 常通过胶被串联成树枝状或网状, 集合成更大的群体, 为肉眼可见。群体胶被明显, 边界明确,无色透亮, 坚固不易溶解, 分层且有明显折光。胶被离细胞边缘远, 距离5–10 µm以上。群体内细胞较少, 细胞一般沿胶被单层随机排列, 形成中空的群体。细胞较少密集排列, 但有时细胞排列很整齐、有规律，有时也充满整个胶被。细胞较大, 球形或近球形, 直径4.5–8.1 µm, 平均为6.4±0.74 µm。细胞原生质体深蓝绿色或深褐色, 有气囊。
分布: 该种为世界性分布很广的种类，特别是在我国的富营养化水体中, 它的分布和丰度甚至超过铜绿微囊藻。


03水华束丝藻
形态特征：藻丝多笔直，少数略弯曲，野外条件下常多数集合形成纺锤状束状群体，无鞘，顶端尖细，藻丝末端细胞延长成无色细胞，细胞圆柱形，具伪空胞，能自主沉浮；异形胞间生，近圆柱形、近球形、椭圆形，较正常细胞略大，具固氮功能；孢子远离异形胞，长圆柱形，壁厚，较正常细胞大，能萌发形成新的藻丝体。
分布：广泛分布于世界各地的淡水富营养化湖泊中，为产毒种类。